第一，因为手术主要把空气中的含尘量和细菌个数作为考核指标，所以，手术室应选择在大气含尘浓度较低，自然环境比较好的地区，尽量避开有空气被严重污染的工业区及交通非常繁忙的闹市区。最好位于整个医院的最大频率风向的上风口。宜设在干扰较少的楼层，尽量减少来自外界对洁净手术部的干扰。
第二，在洁净手术部内建立合理的人、物流向，目前较合理的形式是污染廊道型的洁净手术部。本院采用的就是这种形式。它的人、污物、清洁物品的流向比较合理，清洁物品经供应消毒后进人手术部，医护人员须经过换鞋、更衣、洗澡后才能进入洁净手术部。手术后的污染物品经排污传递窗紫外线消毒后，经污洗间。手术病人从换车间进入，在此换洁净手术部专用的手术对接车，然后进入接近手术室。换车间还兼有缓冲室的作用。
第三，洁净手术部送回风系统所采用的形式，是至关重要的，也是接近手术部成功与否的关键所在。较大的综合性医院因所涉及的科室较多，在手术室进行的手术种类也比较多，为了避免因进行不同手术而有可能引起的交叉感染，每间手术室宜采用单独的空气净化系统，级别较低的接近手术室如果进行的是同一类手术，可以采用同一个洁净空调系统。百级、千级、万级洁净手术室应采用局部集中送风方式，也就是局部层流的送风方式。为了保证流经手术切口处的空气不被污染，集中布置的送风面积应和手术室等级相适应。
第四，手术室的空调送风系统的过滤器的选择，一般高级别的手术室(百级、千级、万级手术室)
